{"id":27939,"date":"2024-06-26T11:34:51","date_gmt":"2024-06-26T09:34:51","guid":{"rendered":"https:\/\/innovin.fr\/?p=27939"},"modified":"2024-07-23T12:43:08","modified_gmt":"2024-07-23T10:43:08","slug":"linnovation-au-service-du-microbiote-starfish","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/innovin.fr\/en\/linnovation-au-service-du-microbiote-starfish\/","title":{"rendered":"L&#8217;innovation au service des terres viticoles et du sol, l&#8217;exemple de Starfish Bioscience"},"content":{"rendered":"<p><section class=\"kc-elm kc-css-114389 kc_row\"><div class=\"kc-row-container  kc-container\"><div class=\"kc-wrap-columns\"><div class=\"kc-elm kc-css-718968 kc_column kc_col-sm-12\"><div class=\"kc-col-container\"><div class=\"kc-elm kc-css-213427 kc_text_block\"><\/p>\n<p><strong>Les micro-organismes du sol sont essentiels pour les services \u00e9cosyst\u00e9miques du sol. Dans les vignobles, les \u00e9cosyst\u00e8mes fragiles sont affect\u00e9s par le manque de rotation des cultures, le labour du sol et l&#039;utilisation de produits chimiques. <a href=\"https:\/\/innovin.fr\/adherents\/starfish-bioscience\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Starfish Bioscience<\/a>, une jeune start-up de Bordeaux, vise \u00e0 restaurer les \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens des sols viticoles en d\u00e9veloppant des produits pour r\u00e9tablir les bact\u00e9ries cl\u00e9s du sol. La technologie brevet\u00e9e de l&#039;entreprise repose sur l&#039;analyse de l&#039;ADN des bact\u00e9ries du sol pour mod\u00e9liser le fonctionnement de l&#039;\u00e9cosyst\u00e8me en fonction des caract\u00e9ristiques du terrain viticole. Actuellement, l&#039;entreprise se concentre sur la cartographie des bact\u00e9ries des vignobles, fournissant des donn\u00e9es utiles aux viticulteurs pour \u00e9valuer l&#039;impact de leurs pratiques sur la sant\u00e9 microbiologique des sols. \u00c0 terme, l&#039;entreprise pr\u00e9voit de d\u00e9velopper des produits \u00e0 base de bact\u00e9ries cl\u00e9s du sol pour am\u00e9liorer le fonctionnement des \u00e9cosyst\u00e8mes bact\u00e9riens et renforcer la r\u00e9silience des cultures face aux d\u00e9fis climatiques et environnementaux.<\/strong><\/p>\n<p><!--more--><\/p>\n<h2>Qui est Starfish Bioscience ?<\/h2>\n<p>Starfish Bioscience est une jeune soci\u00e9t\u00e9 bordelaise cr\u00e9\u00e9e fin 2023 et dirig\u00e9e par sa fondatrice, Sandrine Claus, experte des microbiotes. La soci\u00e9t\u00e9 a pour ambition de d\u00e9velopper des produits innovants d\u00e9riv\u00e9s de bact\u00e9ries cl\u00e9s de vo\u00fbte des sols afin de r\u00e9parer les \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens endommag\u00e9s par les pratiques agricoles afin de renforcer le fonctionnement naturel de ces \u00e9cosyst\u00e8mes. Ainsi l&#039;objectif de la soci\u00e9t\u00e9 est d\u2019agir pour optimiser le fonctionnement de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me microbien du sol pour maximiser sa performance.<\/p>\n<p>La soci\u00e9t\u00e9 est incub\u00e9e par l<a href=\"https:\/\/innovin.fr\/adherents\/unitec\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">&#039;incubateur r\u00e9gional n\u00e9o-aquitain UNITEC<\/a> et par l&#039;incubateur Start-Up Win sp\u00e9cialis\u00e9 WineTech du groupe Bernard Magrez. Pour financer ses op\u00e9rations, la jeune soci\u00e9t\u00e9 a lev\u00e9 \u00e0 ce jour 900 000 euros aupr\u00e8s de Seventure Partners un fond de Capital Investissement sp\u00e9cialis\u00e9 dans les start-ups du microbiome. L\u2019\u00e9quipe est structur\u00e9e autour de l\u2019expertise de l\u2019analyse des microbiotes avec un docteur en bioinformatique et un ing\u00e9nieur agronome qui vient de rejoindre l\u2019\u00e9quipe en tant que directeur du d\u00e9veloppement.<\/p>\n<h2><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-medium aligncenter\" src=\"https:\/\/innovin.fr\/wp-content\/uploads\/2024\/06\/STARTFISH_MAI_2024-17-sur-63-scaled-e1719395027454.jpg\" alt=\"\" width=\"700\" height=\"394\" \/><\/h2>\n<h2>Pourquoi est-il important de restaurer la biodiversit\u00e9 microbienne des sols viticoles ?<\/h2>\n<p>Les sols viticoles souffrent aujourd\u2019hui d\u2019un affaiblissement fonctionnel qui conduit \u00e0 une alt\u00e9ration de la disponibilit\u00e9 des nutriments pour les cultures et limite leur r\u00e9silience face aux attaque de pathog\u00e8nes et aux ph\u00e9nom\u00e8nes de s\u00e9cheresse et d\u2019\u00e9rosion. Or le recyclage des nutriments, la fixation du carbone et de l\u2019azote, la r\u00e9tention de l\u2019humidit\u00e9 et la structuration du sol sont autant de services rendus par les micro-organismes qui forment la base de la biodiversit\u00e9 du sol. Aussi une communaut\u00e9 de micro-organismes en bonne sant\u00e9 joue naturellement un effet barri\u00e8re face \u00e0 l\u2019invasion de pathog\u00e8nes opportunistes qui ne trouvent pas de niche \u00e9cologique o\u00f9 se d\u00e9velopper.<\/p>\n<p>Malheureusement, le manque de rotation de culture combin\u00e9 au travail du sol et \u00e0 l\u2019utilisation d\u2019intrants chimiques dans les vignobles a progressivement alt\u00e9r\u00e9 les communaut\u00e9s microbiennes des sols viticoles qui sont aujourd\u2019hui tr\u00e8s endommag\u00e9es. R\u00e9g\u00e9n\u00e9rer cette biodiversit\u00e9 microbienne est donc essentiel pour optimiser la croissance des vignes et p\u00e9renniser les sols viticoles.<\/p>\n<h2>Qu\u2019est-ce que le microbiote du sol ?<\/h2>\n<p>Le microbiote du sol est constitu\u00e9 d\u2019une grande diversit\u00e9 d\u2019organismes, parmi eux un grand nombre de bact\u00e9ries, virus, arch\u00e9es, champignons et protistes. En termes de biomasse, un gramme de sol contient environ 1 million de bact\u00e9ries, soit 1000 fois plus que de champignons. L\u2019arrangement de cet \u00e9cosyst\u00e8me complexe est d\u00e9pendant d&#039;un grand nombre de facteurs tel que la nature du sol, sa texture, son pH, la mati\u00e8re organique disponible, les conditions p\u00e9doclimatiques.<\/p>\n<h2>Quelles sont les solutions propos\u00e9es ?<\/h2>\n<p>Aujourd&#039;hui seulement 1 % des bact\u00e9ries du sol sont connues. L&#039;un des premiers d\u00e9fis auxquels on doit faire face est donc de compl\u00e9ter la connaissance des bact\u00e9ries des sols viticoles. Pour ce faire, Starfish Bioscience travaille avec des domaines viticoles de renom afin d\u2019y r\u00e9pertorier les micro-organismes pr\u00e9sents. L\u2019un de ces domaines est le Ch\u00e2teau La Tour Carnet du groupe Bernard Magrez o\u00f9 une cartographie des bact\u00e9ries du vignoble et de leurs r\u00f4les est en cours d\u2019\u00e9tablissement.<\/p>\n<p>Sur la base de ces connaissances et d\u2019une compr\u00e9hension approfondie des relations entre fonctionnement de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me microbien et nature du sol, la soci\u00e9t\u00e9 d\u00e9veloppera \u00e0 terme de nouveaux produits d\u00e9riv\u00e9s de bact\u00e9ries s\u00e9lectionn\u00e9es des sols pour r\u00e9pondre aux enjeux culturaux des vignobles.<\/p>\n<h2>Quelles sont les technologies employ\u00e9es ?<\/h2>\n<p>Starfish Bioscience exploite une technologie brevet\u00e9e qui repose sur des outils d\u2019analyse mol\u00e9culaire de l\u2019ADN microbien combin\u00e9 \u00e0 des algorithmes bioinformatiques permettant l\u2019identification de bact\u00e9ries essentielles au bon fonctionnement des \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens des sols. Une fois identifi\u00e9es, les bact\u00e9ries d\u2019int\u00e9r\u00eat seront isol\u00e9es de l\u2019environnement et formul\u00e9es pour aboutir \u00e0 un produit utilisable sous la forme d\u2019une poudre mouillable \u00e0 pulv\u00e9riser dans les exploitations.<\/p>\n<p>Plus pr\u00e9cis\u00e9ment, pour comprendre les \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens sans avoir besoin de cultiver les micro-organismes qui les composent, Starfish Bioscience utilise des technologies de s\u00e9quen\u00e7age de l&#039;ADN microbien \u00e0 tr\u00e8s haute r\u00e9solution. Ces technologies permettent de reconstituer les g\u00e9nomes des bact\u00e9ries pr\u00e9sentes dans les sols, ce qui permet d&#039;en lire les fonctions. La soci\u00e9t\u00e9 applique ensuite des algorithmes bio-informatique sp\u00e9cifiques qui reconstituent les interactions fonctionnelles entre les micro-organismes \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de la communaut\u00e9. Cette mod\u00e9lisation permet de mettre en \u00e9vidence les liens de coop\u00e9ration entre bact\u00e9ries et d&#039;identifier ainsi celles qui portent des fonctions essentielles \u00e0 l&#039;\u00e9quilibre de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me. Ces bact\u00e9ries qui agissent comme des bior\u00e9gulateurs de la population microbienne sont appel\u00e9es \u201ccl\u00e9s de vo\u00fbte\u201d. Leur impact sur la communaut\u00e9 microbienne est tr\u00e8s important car leur disparition s\u2019accompagne d\u2019une modification forte du fonctionnement de l\u2019ensemble de la communaut\u00e9, souvent aboutissant \u00e0 une chute de la biodiversit\u00e9.<\/p>\n<p>Une fois les bact\u00e9ries cl\u00e9s de vo\u00fbte identifi\u00e9es, la start-up \u00e9laborera des produits contenant une s\u00e9lection de ces bact\u00e9ries sp\u00e9cifiques pour r\u00e9pondre \u00e0 des probl\u00e8mes pr\u00e9cis en fonction du type de sol rencontr\u00e9. Comme 99% des bact\u00e9ries du sol n\u2019ont jamais \u00e9t\u00e9 cultiv\u00e9es et que les bact\u00e9ries d\u2019int\u00e9r\u00eat ne figurent dans aucune collection, la soci\u00e9t\u00e9 emploie une m\u00e9thode d\u2019isolement qui cible ces micro-organismes pour les extraire de l\u2019environnement tout en maintenant leur viabilit\u00e9.<\/p>\n<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-medium aligncenter\" src=\"https:\/\/innovin.fr\/wp-content\/uploads\/2024\/06\/STARTFISH_MAI_2024-48-sur-63-scaled-e1719395086751.jpg\" alt=\"\" width=\"700\" height=\"394\" \/><\/p>\n<h2>Quelles applications de cette technologie sont envisag\u00e9es ?<\/h2>\n<p>Les types d\u2019application envisag\u00e9s sont tr\u00e8s divers. Par exemple, il sera possible de formuler des produits \u00e0 base de bact\u00e9ries cl\u00e9s de vo\u00fbte qui optimiserons la performance de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me pour la production de polym\u00e8res qui retiennent l\u2019eau dans le sol pour limiter l\u2019impact des p\u00e9riodes de s\u00e9cheresse. De m\u00eame, l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me pourrait \u00eatre orient\u00e9 vers la production de polym\u00e8res qui am\u00e9liorent la coh\u00e9sion des agr\u00e9gats du sol afin d\u2019en am\u00e9liorer sa structure. D\u2019autres exemples d\u2019application incluent l\u2019am\u00e9lioration de la fixation d\u2019azote par la communaut\u00e9 de micro-organismes pour limiter la d\u00e9pendance aux engrais chimiques et l\u2019optimisation du fonctionnement de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me pour limiter la propagation des pathog\u00e8nes pr\u00e9sents dans les sols.<\/p>\n<h2>Qui sont les partenaires scientifiques de la soci\u00e9t\u00e9 ?<\/h2>\n<p>Pour r\u00e9aliser l\u2019ensemble des analyses et le d\u00e9veloppement des futurs produits, Starfish Bioscience s\u2019appuie sur des acteurs publics et priv\u00e9s. En particulier, la soci\u00e9t\u00e9 a un partenariat strat\u00e9gique avec le laboratoire Bioaster, situ\u00e9 dans les locaux de l\u2019Institut Pasteur \u00e0 Paris. Bioaster est un acteur sp\u00e9cialis\u00e9 dans le d\u00e9veloppement de solutions innovantes appliqu\u00e9es \u00e0 la microbiologie pour les industriels. Outre ses capacit\u00e9s de s\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ADN microbien, le laboratoire porte notamment une expertise tr\u00e8s forte dans la culture de bact\u00e9ries fastidieuses, c\u2019est-\u00e0-dire de bact\u00e9ries rares dont les conditions de croissance sont mal connues. Ainsi la soci\u00e9t\u00e9 s\u2019appuie sur ce laboratoire pour d\u00e9velopper des outils d\u2019isolement et de culture de nouvelles bact\u00e9ries cl\u00e9s de vo\u00fbte des sols.<\/p>\n<h2>Quels b\u00e9n\u00e9fices peut-on attendre de la r\u00e9g\u00e9n\u00e9ration des microbiotes des sols ?<\/h2>\n<p>Les b\u00e9n\u00e9fices attendus pour les domaines viticoles sont nombreux. Tout d&#039;abord le d\u00e9veloppement en cours d\u2019une cartographie fonctionnelle des microbiotes des sols viticoles permet aux exploitants de diagnostiquer l&#039;\u00e9tat microbiologique de leurs sols. Ce diagnostic permet d\u2019orienter des choix d\u2019actions concr\u00e8tes en faveur de la sant\u00e9 microbiologique du vignoble et de suivre leur impact au cours du temps.<\/p>\n<p><strong>\u00c0 terme, r\u00e9parer la biodiversit\u00e9 microbienne des sols viticoles permettra de r\u00e9duire la quantit\u00e9 d\u2019intrants chimiques n\u00e9cessaires \u00e0 la culture tout en offrant une meilleure tol\u00e9rance aux stress biotiques et abiotiques et en limitant l\u2019\u00e9rosion du sol. Il s\u2019agit donc d\u2019accompagner les exploitants vers une production plus r\u00e9siliente face aux changements climatiques tout en \u00e9tant plus durable.<\/strong><\/p>\n<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-medium aligncenter\" src=\"https:\/\/innovin.fr\/wp-content\/uploads\/2024\/06\/STARTFISH_MAI_2024-50-sur-63-scaled-e1719395135668.jpg\" alt=\"\" width=\"700\" height=\"394\" \/><\/p>\n<p>\n<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div><\/section><section class=\"kc-elm kc_row\"><div class=\"kc-row-container  kc-container\"><div class=\"kc-wrap-columns\"><div class=\"kc-elm kc_column kc_col-sm-12\"><div class=\"kc-col-container\"><div class=\"kc-elm kc-css-694900 kc_text_block\"><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/bordeaux.feret.com\/fr\/la-lettre-feret-sommaire\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><em><strong>Cet article est paru dans La Lettre F\u00e9ret n\u00b02 &#8211; juillet 2024<\/strong><\/em><\/a><\/p>\n<p>\n<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div><\/section><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Les micro-organismes du sol sont essentiels pour les services \u00e9cosyst\u00e9miques du sol. 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